2009年升本以后，计算机系主动适应高等教育发展的新形势，结合现有软硬件条件，积极探索本科专业建设的新途径。按照学校转型发展的总体办学思路，遵循“校企合作，共建专业”的办学理念，计算机系各本科专业与相关企业进行了专业共建。2013年计算机科学与技术专业、软件工程专业与北京安博教育有限公司合作办学，办学方向为服务外包方向；2016年教育技术学专业与北京蓝鸥科技有限公司合作办学,办学方向为iOS应用开发方向；2017年计算机科学与技术专业在与北京安博教育有限公司合作服务外包方向的基础上，同时与北京云泰数通互联网科技有限公司合作云计算方向，软件工程专业与北京中标华安信息技术有限公司合作办学，办学方向为信息安全方向；2021年数据科学与大数据技术专业与中软国际有限公司合作办学。所有合作共建专业均采用“3+1”模式培养应用型本科人才，即前三年学生在集宁师范学院接受基本专业教育，由集宁师范学院教师和企业教师共同授课；第四年学生赴企业实训基地接受专业技能教育、实训、企业顶岗实习，由合作企业负责企业级别项目实训，实训结束后，由企业负责推荐就业。